南京同仁医院眼科中心为南京同仁医院重点学科、南京市重点学科，秉承了 “大眼科、细专科”的学科建设理念，下设眼底病、青光眼、白内障、眼外伤、角膜病、斜弱视、眼整形、泪道疾病、近视防控、屈光中心、视光中心等专业组。

眼科中心是全国住院医师规范化培训基地，承担着江苏省眼科住院医师规范化培训任务以及东南大学医学院、金陵科技学院、江苏京华科教专修学院、苏州卫校眼视光专业等多所院校学生的临床实习带教工作，是一个集医疗、科研、教学、保健、防控为一体的现代化多功能眼科诊疗中心。目前眼科病房已开放50张床位,每年眼科中心完成近十万例门诊病人以及数千例的住院手术病人的救治和医疗工作，同时承担及参与国家及省市级研究课题十余项，独立和参与的研究成果获省部级奖励5项。

眼科中心全体医护人员，将秉承建科之初传自北京同仁“精、诚、勤、和”的百年医疗文化传统，以精湛的专业技术、优质的医疗服务，做好眼病预防、诊断和治疗工作。